Những nhà giải phẫu học và những nhà lâm sàng học chủ yếu kêu gọi đến quan
sát. Claude Bernard thừa nhận tầm quan trọng và sự cần thiết của nó, nhưng sự
quan sát đơn thuần đối với ông dường như thuộc về một thứ chủ nghĩa kinh
nghiệm có phần thụ động mà phương pháp thực nghiệm chủ động (La méthode
expérimentale active) phải vượt qua. Trong mọi tìm kiếm, trước tiên phải có một
giả thuyết. Thực nghiệm theo sau để xác nhận hay bác bỏ giả thuyết đó. Không
có vấn đề chỉ xếp đống các sự kiện. Các giả thuyết cũng có giá trị tiêu cực khi
thực nghiệm buộc phải bác bỏ chúng.
Sinh vật phải phục tùng các điều kiện lý hoá của môi trường, các hiện tượng
sống, đối với nhà bác học này, được quản lý bởi một thứ tất định chặt chẽ. Như
thế ông từ khước thuyết duy sinh (vitalisme) nó miễn trừ cho sinh vật những định
luật nhân quả. Tuy nhiên ông cũng đối nghịch lại mọi giải thích máy móc nó
không để ý đến những quy luật điều hoà và liên đới của tổ chức sống. Ông cũng
bài xích việc dùng các con tính trong sinh vật học chúng chỉ mang lại, (theo lời
ông) những sự chính xác giả tạo.
"Mọi khoa học thực nghiệm đều đòi hỏi một phòng thí nghiệm" Bernard suy nghĩ
lại những tương quan giữa bệnh viện với thư viện và với phòng thí nghiệm,
"thánh đường thực sự" của khoa học nơi mà nhà bác học thứ nhất phải được đào
tạo. Ông cũng suy niệm về vai trò của công cụ; vả chăng ông cũng khuyên ta lưu
ý tính phức tạp của chúng có thể đem lại những nguy cơ sai lầm rất lớn. Vừa
nghiên cứu vừa giảng dạy, Bernard quan tâm thích ứng việc giảng dạy của mình
sao cho phù hợp với những lớp công chúng khác nhau.
Nhà bác học này rất nghiêm khắc đối với những người mà ông gọi là các "siêu
hình học gia", như những triết gia thực chứng, cái trường phái triết học hiện đại
tự cho là được xây dựng trên những khoa học và ông coi cái nguyên lý "đem
những điều tổng quát của khoa học làm chuyên môn của mình" như là "phản triết
học và phản khoa học". Nói chung Bernard không đánh giá cao những ai tạo ra
các lý thuyết về phương pháp một cao vọng thường thấy nơi các triết gia. Cuối
cùng ngay cả khi đưa ra lời mời một "cuộc hôn phối bền vững giữa khoa học và
triết lý" ông cũng thực hiện bằng những từ mặc khải: "hữu ích cho cả hai, dạy dỗ
cái này và chứa đựng cái kia" nghĩa là sự phát triển của khoa học ấn định những
giới hạn cho triết học.
