Việc chinh phục người Aztec bằng quân đội hoàn tất vào năm 1521.
Cortés, trên cương vị thống đốc tỉnh Tân Tây Ban Nha, khi đó bắt đầu phân
chia nguồn lực quý giá nhất, người dân bản xứ, thông qua thành lập hệ
thống cai trị được gọi là encomienda. Hệ thống này xuất hiện lần đầu tiên ở
Tây Ban Nha vào thế kỷ 15 như một phần của việc tái chinh phục miền
nam đất nước từ người Moors, người Ảrập từng định cư ở đó trong và sau
thế kỷ thứ 8. Ở Tân Thế giới, hệ thống này có một hình thức tàn bạo hơn:
một nhóm người dân bản xứ được phân bổ cho một người Tây Ban Nha
đứng đầu được gọi là encomendero. Người dân bản xứ phải cống nạp cho
encomendero phẩm vật và sức lao động, đổi lại, encomendero sẽ có trách
nhiệm hoán cải họ thành các giáo dân Thiên chúa giáo.
Tài liệu sống động về sự vận hành hệ thống encomienda còn truyền lại
cho chúng ta ngày nay là từ Bartolomé de las Casas, tu sĩ dòng Dominic
vốn là một trong những người chỉ trích hệ thống thuộc địa Tây Ban Nha
đầu tiên và kịch liệt nhất. De las Casas đến đảo Hispaniola của Tây Ban
Nha vào năm 1502 với một đội thuyền do tân thống đốc Nicolás de Ovando
chỉ huy. Ông ngày càng vỡ mộng và lo lắng trước cách đối xử bóc lột và
tàn bạo đối với người dân bản xứ mà ông phải chứng kiến hằng ngày. Năm
1513, ông làm đức cha tuyên úy trong cuộc chinh phục Cuba của người
Tây Ban Nha, thậm chí còn được bổ nhiệm làm encomienda vì sự phục vụ
của ông. Tuy nhiên, ông từ bỏ tước vị và bắt đầu một chiến dịch bền bỉ
nhằm cải cách các thể chế thuộc địa của Tây Ban Nha. Nỗ lực của ông lên
đến đỉnh cao trong quyển sách Một giải thích ngắn cho sự hủy diệt người
Anh-điêng (A Short Account of the Destruction of the Indies), viết vào năm
1542, như một đòn tấn công khinh miệt vào tính chất dã man trong sự cai
trị của người Tây Ban Nha. Về hệ thống cai trị encomienda, ông từng viết
như sau trong trường hợp Nicaragua:
Mỗi người định cư chiếm cứ một cơ ngơi trong thành phố được phân
cho họ, bố trí thổ dân đến làm việc cho họ, chiếm lấy nguồn lương thực vốn
dĩ khan hiếm của thổ dân cho bản thân họ, và thôn tính đất đai vốn thuộc sở
