Mất Sài Gòn và ba tỉnh miền Đông Nam Bộ
Quân Pháp sau khi chiếm Đà Nẵng đã nổi lửa thiêu hủy thành phố này,
nhưng chúng không đủ mạnh để có thể uy hiếp kinh đô và buộc triều đình
Huế phải có những nhân nhượng. Giám mục Pellerin liền đề nghị với Bộ
chỉ huy Pháp đánh vào châu thổ sông Hồng, nơi có 400.000 giáo dân có thể
sẽ sẵn sàng nổi dậy tiếp ứng cho cuộc hành quân. Bộ chỉ huy Pháp chọn
con đường hướng lực lượng của mình về phía Nam, nơi việc buôn bán lúa
gạo đã thịnh vượng.
Sáng ngày 17 tháng 2 năm 1859, Sài Gòn bị vây hãm, cuối ngày đó,
quân đội nhà vua rút khỏi thành phố, trong khi quân tiếp viện từ các tỉnh
lân cận đang vội vã kéo đến, trong đó có 5.800 quân tình nguyện do các bậc
thân hào trong vùng tuyển mộ. Thế là đạo quân đồn trú Sài Gòn được tăng
viện bao vây lại quân Pháp đã kéo vào bên trong thành phố, dồn chúng vào
thế gay go. Tuy nhiên triều đình Huế đã không thúc quân đội của mình tiến
công mà lại hy vọng có thể tìm kiếm được một thoả hiệp bằng thương
lượng. Quân Pháp đã lợi dụng sự do dự này của triều đình Huế để tranh thủ
thời gian. Năm 1860, sau một cuộc tiến công mới thắng lợi của các cường
quốc phương Tây chống Trung Quốc, nước Pháp đã có thể tập trung toàn
bộ lực lượng hải quân của mình ở Viễn Đông vào Sài Gòn để phá tan cuộc
bao vây và tiếp đó, năm 1861, chiếm luôn 3 tỉnh miền Đông của Nam
Kỳ(gồm có 6 tỉnh, 3 ở miền Đông và 3 ở miền Tây).
Sự bại trận của quân đội nhà vua đã không châm dứt cuộc kháng chiến
của Việt Nam. Dưới sự lãnh đạo của những lãnh tụ yêu nước, nhân dân ở
khắp nơi nổi dậy chông lại quân đội Pháp. Những sĩ quan Pháp phụ trách
biên tập Lịch sử quân sự Đông Dương đã buộc phải thừa nhận rằng ''những
trận thất bại của quân đội An Nam không hề có chút tác động nào đến tình
hình khởi nghĩa tại các lãnh thổ bị chiếm đóng''.
Cuộc kháng chiến mang tính toàn dân. Nhà sử học người Pháp Pallu de
la Barriere, một nhân chứng có mặt tại chỗ, đã viết:
