“Thực tế là trung tâm kháng cự ở khắp nơi, được chia nhỏ đến vô cùng
tận, hầu như mỗi một người An Nam là một trung tâm kháng cự. Có lẽ
đúng hơn là cứ coi mỗi một người nông dân đang bó lúa là một trung tâm
kháng cự”.(
)
Tính chất nhân dân của cuộc kháng chiến cũng thể hiện rõ trong việc
thay đổi chiến thuật. Các đơn vị quân đội nhà vua chiến đấu theo đội hình
dày đặc và rất sợ những loại vũ khí có tầm bắn xa của quân Pháp, còn các
lực lượng nhân dân thì hoặc đánh du kích hoặc thực hiện những cuộc tập
kích bất ngờ áp sát địch mà đánh. Quân do nhà yêu nước Nguyễn Trung
Trực chỉ huy đánh giáp lá cà, thậm chí đã nổi lửa đột chiếc tàu chiến
L’espérance của Pháp và giáng cho quân Pháp một đòn đau điếng ở Nhật
Tảo. Các lực lượng nhân dân giành lại thế chủ động ở nhiều địa phương và
Bộ chỉ huy Pháp buộc phải vội vã xin quân tiếp viện.
Chính triều đình Huế là kẻ đã cứu quân Pháp thoát khỏi bước gian nan
này bằng cách yêu cầu thương lượng. Ngày mồng 5 tháng 6 năm 1862,
Phan Thanh Giản thương lượng với Đô đốc Pháp Bonard một hiệp ước theo
đó triều đình Huế nhượng cho Pháp 3 tỉnh miền Đông của Nam Kỳ, chịu
bồi thường 20 triệu đồng quan và mở rửa cho Pháp vào buôn bán ở 3 cửa
biển của Trung Kỳ và Bắc Kỳ. Triều đình ra lệnh ngay cho các lực lượng
nhân dân rút khỏi những tỉnh nhượng cho Pháp.
Lệnh này đã không được thi hành. Sử gia Pháp Vial viết:
“Vào đúng lúc Đô đốc tưởng chừng đã có thể chấm dứt được một cách
may mắn một cuộc chiến tranh thì ông ta lại phải đối mặt với nó, với những
kẻ địch còn tích cực chủ động hơn, một cuộc chiến tranh có lẽ còn đáng sợ
hơn cuộc chiến thực sự chống lại quân đội chính quy của nhà vua''.(
Trương Định là người lãnh đạo cuộc khởi nghĩa. Ông đang chỉ huy một
đồn điền nông nghiệp khi quân Pháp đánh Sài Gòn. Trương Định điều quân
tình nguyện đến cứu viện cho thành phố này; khi Sài Gòn rơi vào tay quân
Pháp, ông lui về tỉnh Gò Công, chiêu mộ một đội quân tình nguyện 6.000
người và được triều đình phong chức Phó tổng chỉ huy. Sau khi hiệp ước
được ký kết, nhà vua ra lệnh cho ông rút về tỉnh An Giang và chấm dứt mọi