Về phần nhà Mạc không nhìn vào cuộc thất bại chua cay này để tu chỉnh
lại quân đội, trái lại Mạc Mậu Hợp đã bạc đãi tướng sĩ, trễ nãi chính sự,
đắm say tửu sắc, lại còn có thái độ chán nản của kẻ chiến bại (Mạc Mậu
Hợp thấy vợ Bùi văn Khuê có nhan sắc, định giết Khuê để chiếm lấy). Khuê
hoảng sợ chạy sang hàng Trịnh Tùng. Sau này Mạc Mậu Hợp thấy bại hẳn
thì riêng cái tính hiếu sắc cũng đủ như các ông tướng hiếu sắc có bao giờ
được ở địa vị trọn vẹn).
Sử không chép trận cuối cùng giữa Mạc và Trịnh vào tháng nào năm
Nhâm Thìn (1592), có lẽ nghỉ ngơi được ít lâu quân Nam lại tiến ra Thăng
Long. Đôi bên gặp nhau chặng đầu tại cuối huyện Ý Yên và huyện Phong
Doanh tỉnh Nam Định. Mạc mất 70 chiến thuyền, tướng chỉ huy là Trần
Bách Niên ra hàng.
Chặng thứ hai, quân Nam ra tới Bình Lục (Hà Nam) kéo lên Thanh Oai,
đóng ở bãi Tinh Thần (thuộc xã Thanh Thần, huyện Thanh Oai) bằng
đường thủy rồi ra tới Hát Giang.
Thủy quân nhà Mạc cầm cự không nổi, bị mất hàng trăm chiến thuyền.
Mạc Mậu Hợp chạy sang Kim Thành (Hải Dương) thì quân Nam được lệnh
đuổi theo. Vào thành Thăng Long, Trịnh Tùng thâu được rất nhiều của cải
và bắt được Quốc Mẫu của nhà Mạc (mẹ của Mạc Mậu Hợp). Một số quan
nhà Mạc 17 người xin đầu hàng là Đỗ Uông, Ngô Tạo…
Đại quân của Trịnh Tùng đóng ở huyện Vĩnh Lại. Phạm Văn Khoái
được lệnh tiến lên huyện Yên Dũng và Vũ Ninh (Bắc Giang) bằng đường
sông. Mậu Hợp chạy lên bộ vào ở ẩn một ngôi chùa ở huyện Phượng Nhỡn
thì có kẻ tố cáo. Mạc Mậu Hợp bị Phạm Văn Khoái bắt được và giải về
Thăng Long làm tội sống ba ngày rồi chém đầu đem bêu ở Thanh Hóa.
Trước ngày tàn của mình, Mạc Mậu Hợp đã cử Mạc Toàn thay thế để
rãnh tay chống với quân Trịnh. Con Mạc Kính Điển là Kính Chiri cũng tự
lập làm vua cùng 100 người trong hoàng tộc và các quan văn võ lại cố quy
