Vua Lê nhóm họp các tướng lĩnh, đại thần ngay tại phủ của Chỉnh.
Sau một cuộc thảo luận, Nguyễn Như Thái được cử làm Thống lĩnh,
Ninh Tốn làm Tham Tán Quân Vụ cùng tiến quân vào Thanh Hóa. Tại đây
quân của Lê Duật đã bị quân của Ngô Văn Sở đi men núi, lén qua sông Tất
Mã (sông Mã)[15] đánh vào sau lưng.
Quân Duật phải bỏ chạy giữa đêm tôi, đến Cao Động thì lại thấy quân
của Văn Sở đằng trước mặt. Lâm vào thế gọng kìm, trước sau dồn lại, quân
của Duật tan vỡ trong cơn hoang mang, khủng khiếp. Khi đại quân của
Nguyễn Như Thái tới Châu Cầu[16] thì được tin Lê Duật tử trận rồi. Quân
của Thái được hai vạn gồm quân tinh nhuệ của bản đạo và các đạo khác.
Ninh Tốn bàn đem quân giữ núi Tam Điệp (đèo Ba Dội) lợi dụng thế hiểm
và chỗ cao, nơi này còn là hàng rào ngăn cách Đàng trong với Đàng ngoài.
Quân của Thái vội gấp rút đến giữ bến đò Gián Khẩu, một phần lớn đi
tắt đến bến đò Nghệ[17] tính đánh vào phía sau quân Tây Sơn, nhưng đến
Điềm Xá[18] thì gặp lực lượng Đàng trong địa bại chạy về Sơn Minh[19].
Kế hoạch của nhà Lê là chiếm trước đèo Ba Dội thì quân Thái bắt đầu
lên đường, quân Tây Sơn thắng Lê Duật xong đã vội đến chiếm núi Tam
Điệp xong rồi.
Đã bất lợi ngay trận đầu, nay lại được tin quân Tây Sơn cách mìn chỉ có
vài dặm, Thái hoảng hồn không ngờ Tây Sơn đã tiến nhanh quá sức tưởng
tượng. Một trận kịch chiến xảy ra từ sáng đến trưa, đã cô thế lại không có
quân tiếp ứng, Thái cùng binh sĩ bị đánh tan hoang, riêng Ninh Tốn đại bại
dã đem lại một cơn sốt rét cho chính quyền Bắc Hà.
Vua Lê Chiêu Thống cũng hoảng hốt chạy sang trao cho Chỉnh cờ Tiết
và cây Việt để Chỉnh toàn quyền với tình thế. Chỉnh vẫn làm ra vẻ cứng để
yên lòng vua Lê, rồ thân mang ba vạn quân kéo xuống Hoàng Mai, cắt Hữu
Du cầm Ngũ Duệ cơ quân đi trước. Du đến sông Thanh Quyết thì ngừng lại,