Trấn thủ thành Qui Nhơn lâu không thấy viện binh của mình đến lương
thực lại cạn sạch đành mở cửa ra hàng. Nguyễn Vương đổi tên Qui Nhơn ra
Bình Định từ đó.
Qui Nhơn bị mất, vua Cảnh Thịnh lại cho đại binh vào đóng ở Trà Khúc
(Quảng Ngãi) tính đánh lấy lại Qui Nhơn nhưng vì trái mùa gió không dùng
được thủy chiến phải rút về. Nguyễn Văn Giáp được lệnh ở lại Trà Khúc,
Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng giữ Quảng Nam.
Về phía quân Nguyễn, một phần rút về Gia Định, một phần lại giữ Bình
Định. Thành này được đặt dưới quyền Phò mã Võ Tánh và Ngô Tùng Chu.
Trong dịp này vì trải nhiều vất vả, gian lao lại thêm thủy thổ bất phục Giám
mục Bá Đa Lộc bị bệnh lỵ mà chết tại Thị Nại ngày 9-10-1799. Xác người
được đưa về mai tang rất trọng thể ở Tân Sơn Hòa (Gia Định) và Giám mục
được truy tặng tước Thái Phó Bí Nhu Quận Công.
Tuy mất Qui Nhơn, Tây Sơn vẫn không thoái chí nên đầu năm sau
(1800) Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng lại mang địa quân vào bao vây ở
thành Qui Nhơn. Quang Diệu sai đắp lũy chung quanh thành, Văn Dũng
đem hai chiếc tàu lớn và 100 chiến thuyền nhỏ ra đóng giữ cửa Thị Nại, đặt
các hải đồn và đại bác quay ra mặt bể để phòng quân Nam ở ngoài khơi tiến
vào. Trước một lực lượng quá hùng hậu lại do danh tướng chỉ huy, Võ Tánh
cố thủ chờ quân Gia định ra tiếp sức.
Lúc này Nguyễn Vương cử Nguyễn Văn Thành, Lê Chất, Nguyễn Đình
Bắc, Trương Tiến Bảo lĩnh ba đạo quân đánh vào Phú Yên rồi kéo ra đóng
ở Thị Dã (thuộc Bình Định). Còn Ngài dẫn thủy quân tính phá Thị Nại. Kế
hoạch này không có thực hiện được vì quân thủy bộ không liên lạc được với
nhau. Một năm qua, tháng Giêng năm Tân Dậu (1801) quân Nguyễn do
Nguyễn Văn Trương, Tống Phúc Lương, Lê Văn Duyệt, Võ Duy Nguy lại
tấn công cửa Thị Nại, đốt được nhiều tàu, thuyền của Tây Sơn, khiến Vũ
Văn Dũng phải chạy về hợp sức với Trần Quang Diệu; vòng vây của quân
Tây Sơn lại càng xiết chặt vào thành Bình Định, rồi Võ Tánh cũng Ngô
