là sau khi vua Hàm Nghi bị bắt và bị đày đi Algerie, ông là ngọn lửa cuối
cùng bùng lên trên nền trời kháng chiến. Ông dùng đồn điền Vụ Quang làm
chỗ tập hợp binh sĩ và các đồng chí. Ông có tài tổ chức quân đội, giỏi thao
lược, biết gây tinh thần kỹ thuật và biết huấn luyện binh sĩ theo lỗi Âu
Châu. Binh đội của ông mặc đồng phục, chiến đấu hăng hái, có tinh thần
đồng đội và đoàn kết, nhờ vậy cuộc kháng chiến của họ Phan trường cửu
được 11 năm. Đại úy Gosselin, từng nhiều phen đối thủ với ông, đã nhiệt
liệt ngợi khen ông về việc đúc được kiểu súng 1874 của Pháp do sáng kiến
của một bộ tướng là Cao Thắng, tiếc rằng súng của ông, nòng không xẻ
được nên đạn bắn không được xa như súng Pháp. Ông khéo dùng chiến
thuật du kích từ Trung Khê, Trí Khê (Hà Tĩnh, Nghệ An), các đảng viên cũ
của Văn Thân lại tìm về với ông để hoạt động. Pháp ra công đánh ông từ
cuối năm Quí Tị (1893) đến cuối năm Ất Mùi (1895) không thu được kết
quả gì mà lính tráng thì chết hại rất nhiều. Bảo hộ sai Hoàng Cao Khải lấy
tình cố hữu viết thư dụ ông ra hàng không được, sau giao nhiệm vụ tiểu trừ
họ Phan cho tổng đốc Bình Định là Nguyễn Thân. Vì chịu quá nhiều gian
khổ, thế lực mỗi ngày một kém, ông Phan Đình Phùng mắc bệnh kiết lỵ mà
chết. Nguyễn Thân cho người vào rừng đào mả ông lên, đốt thây ông ra tro
trộn vào thuốc sung bắn xuống La Giang. Để tưởng lệ hai tên Việt gian
phản quốc Nguyễn Thân và Hoàng Cao KHải, Bảo hộ cho ông làm phụ
chính đại thần thay ông Nguyễn Trọng Hợp về hưu trí, Khải được lĩnh chức
Bắc Kỳ Kinh Lược Sứ.
Xét về hoạt động của Văn Thân, riêng từ Trung Kỳ trở ra Bắc ta phải kể
rằng Văn Thân đã phất cờ, dóng trống từ 1874 tức là từ khi có hòa ước Giáp
Tuất. Bắt đầu là sĩ phu Thanh Nghệ Tĩnh, thủ lĩnh có 2 ông Tú Đỗ Mai và
Trấn Tấn, chủ trương chống cả triều đình và Pháp xâm lăng. Đồng thời Văn
Thân cũng sát phạt cả giáo sĩ và giáo dân vì giáo dân một số khá đông đã bị
lôi cuốn vào chính trị của bọn thực dân, đế quốc. Nhưng khi triều đình có rõ
rệt mục đích chống Pháp thì Văn Thân gia nhập phong trào Cần Vương để
cứu nước, đến đầu thế kỷ XX các nhà cách mạng của chúng ta thấy rằng