Pháp thi hành mọi ý muốn của họ ở hai xứ theo chính thể Bảo hộ và Trung
Bắc lưỡng kỳ kể từ ngày Paul Bert giữ chức toàn quyền trên toàn thể lãnh
thổ Đông Dương (lúc này hai nước Cao Miên và Ai Lao cũng đã trở thành
xứ Bảo hộ của Pháp do sự thỏa thuận của Xiêm La). Còn Nam kỳ kể từ Hòa
ước 5-6-1862 đã thành thuộc địa nên nằm trực tiếp dưới quyền thống trị của
người Pháp. Nguyên thủ ở Nam kỳ là một vị thống đốc nhưng mọi việc
quan trọng của Nam kỳ đều phải có sự kiểm duyệt của viên Toàn quyền là
vị chỉ huy cao nhất.
Tại đây, Pháp vẫn để chức Phủ, Huyện, Cai tổng và Hương chức. Nhưng
các quan Tổng trấn và Bố chính thì bãi đi. Người Pháp đặt ra chức Tham
biện do trường Hành chánh tập sự Sài Gòn (Collège des Stagiaires à
Saigon) đào tạo ra để thay thế và dĩ nhiên các quan biện đều là người Pháp.
Tham biện có nhiệm vụ thâu thuế, thi hành việc cảnh bị, xử án ở mỗi tỉnh
và trực thuộc viên Thống đốc Nam kỳ. Các viên Thống đốc đầu tiên là
những hải quân Đề đốc nhưng kể từ 1879 chức vụ này giao cho các người
dân chính.
a) Việc cai trị ở Nam kỳ
Tại các xã thôn Nam kỳ có Hội đồng Hương chính gồm 12 người Kỳ
mục do dân trong xã bầu ra. Người ra ứng cử Kỳ mục phải có tài sản và uy
tín. Quyết định của Hội đồng Hương chính sẽ được thi hành do ba vị
Hương thân, Thôn trưởng và Hương đào là ba cấp thấp nhất của Hội đồng.
Hội đồng quan trị về việc thuế má, tài sản, đường xá, cầu cống, trường học,
miếu đình và các cơ sở công cộng…Trên đơn vị xã là tổng do một chánh,
phó Cai tổng được lựa chọn và bầu ra do các xã. Các tổng hợp lại thành tỉnh
đặt dưới quyền một quan cai trị người Pháp. Ở mọt vài tình chánh, phó Cai
tổng là những người trung gian giữa các xã và quan chủ tỉnh người Pháp
(Tham biện). Ở những nơi khác, các tổng hợp lại thành quận do các quan
Đốc phủ (cao cấp nhất trong ngạch hành chánh ở Nam Kỳ) quan Phủ hay
Huyện cầm đầu. Cũng có một vài quận quan trọng đặc biệt đã được công