Cuối cùng đô đốc Yonai thấy tình thế quá nguy hiểm nên bắt buộc
Yamamoto phải có vệ sĩ, ngay tại văn phòng cũng như tại tư gia. Dù
Yamamoto đi đâu, lúc nào chung quanh ông cũng có một tiểu đội cảnh sát
mặc thường phục hộ vệ. Rồi đến một lúc đô đốc Yonai thấy rằng sự bảo vệ
như thế cũng không đủ, Yonai liền tìm cách đẩy Yamamoto ra khỏi nơi
chính trường hiểm nghèo, bằng cách bổ nhiệm Yamamoto vào chức vụ Tư
lệnh Liên Hạm đội Nhật, và thăng Yamamoto lên chức đô đốc. Về sau
Yonai phải thú nhận bổ nhiệm Yamamoto vào một chức vụ ngoài biển cả là
cách duy nhất để cứu sinh mạng cho Yamamoto.
Chức vụ và cấp bậc của Yamamoto là tột đỉnh trong hải quân Nhật, và dĩ
nhiên Yamamoto cũng không từ chối vinh dự lớn lao này, mặc dầu ông hơi
ngạc nhiên. Khi được báo tin, Yamamoto vốn là một người không thích
rượu mà cũng uống cả ly la de một hơi để dằn sự khích động to lớn. Thực
tình Yamamoto muốn đô đốc Yonai làm Tư lệnh Liên Hạm đội và
Yamamoto sẽ là tư lệnh lực lượng xung kích, trực tiếp chỉ huy những trận
đánh, nhưng Yonai không muốn trở lại chức Tư lệnh Liên Hạm đội một lần
nữa.
Hai tuần lễ sau khi Yamamoto nhận chức Tư lệnh hải quân thì quân Ðức
xâm chiếm Ba Lan và đệ nhị thế chiến bắt đầu. Bây giờ công việc cấp bách
của Yamamoto không còn là chống chiến tranh nữa vì đã quá trễ, trái lại
ông lao mình vào nhiệm vụ sửa soạn cho chiến trường Thái Bình Dương, vì
ông biết rằng ông không còn nhiều thì giờ nữa trước khi phải quần thảo với
hạm đội Mỹ. Ngay khi ông tiếp nhận soái hạm Nagato, ông đã đưa ra
đường lối chỉ đạo mới cho hạm đội:
1. Ưu tiên thứ nhất là huấn luyện phi công.
2. Nếu chiến tranh xảy ra, phải dụ hạm đội Hoa kỳ tại quần đảo Hawaii vào
một trận đánh quyết định càng sớm càng tốt.
