Yamamoto nhận thấy nhiệm vụ lớn nhất của ông là phải làm sao cho hạm
đội Nhật bản sẵn sàng khi tổ quốc đòi hỏi sự hy sinh của hải quân. Hải
quân Nhật đã thao dượt tập luyên liên tục trong mọi hoàn cảnh thời tiết và
địa lý. Các cuộc thao dượt này cũng là thực tập sẵn sàng cho cuộc tấn công
Trân châu cảng. Một trong những khẩu hiệu tập luyện của hải quân là: "Với
một tinh thần dẻo dai không biết mệt, chúng ta đang cố gắng đạt tới một
mức độ siêu nhân về khả năng và hiệu năng chiến đấu hoàn toàn."
Yamamoto cũng không quên khía cạnh đời sống riêng tư của các sĩ quan
trẻ. Ông thường nói với họ: "Tôi không uống rượu, nhưng đó là bản chất
của tôi. Bản chất của các bạn có thể không thế. Nếu các bạn thích rượu thì
các bạn cứ uống tự do, nhưng xin nhớ rằng đừng bao giờ bàn luận các vấn
đề hải quân trong một bữa tiệc hoặc trong những tiệm ăn. Bạn cũng không
bao giờ trở thành một vĩ nhân nếu bạn phổng mũi vì lời khen của một
người đàn bà. Ðừng vội lập gia đình. Hãy sống độc thân cho tới tuổi ba
mươi. Nhiệm vụ của các bạn có những đòi hỏi đặc biệt khiến cho việc lập
gia đình sớm không có lợi. Năm ba mươi-lăm tuổi tôi mới lấy vợ và tôi
không cho như thế là quá trễ."
Sau 6 tháng trong chức vụ và chương trình huấn luyện hải quân tiếp tục tốt
đẹp, Yamamoto cảm thấy tin tưởng vào binh sĩ hải quân nhiều hơn. Hải
quân dường như đang đi đúng con đường Yamamoto muốn, trái hẳn với
chính trường bị lục quân chi phối đã đi ngược lại ước muốn của Yamamoto.
Nhật Bản càng lúc càng sẵn sàng gia nhập khối Trục của Ðức và Ý. Việc ký
kết Hiệp Ước Liên Kết giữa ba quốc gia vào tháng 9-1940 không có nhiều
bó buộc cho Nhật Bản. Nhật Bản chỉ đồng ý tham chiến với Ðức và Ý khi
nào Hoa Kỳ liên kết với Anh quốc đánh lại Ðức và Ý. Hitler muốn Nhật
ngăn cản Hoa Kỳ không cho Hoa Kỳ can thiệp vào Âu Châu để cứu Anh
quốc. Tuy nhiên nhiều nhân vật Nhật rất không đồng ý với lời cam kết có
giới hạn này, trong đó có Nhật Hoàng và thủ tướng Konoye. Các đô đốc
Yonai, Yamamoto và phần đông sĩ quan hải quân kịch liệt chống lại lời cam
kết đó, nhưng lục quân đang nắm quyền và không thèm để ý tới sự phản
đối của hải quân.
Người chống đối hiệp ước nặng ký nhất là Yamamoto thì lại ở xa ngoài