Mặc dù khu trục hạm báo cáo về bộ chỉ huy về việc xuất hiện của tiềm thủy
đỉnh Nhật, nhưng không ai quan tâm. Người ta chỉ bàn tán về sự việc này
cho tới phi cơ Nhật nhào xuống tấn công. Cổng vào quân cảng được mở ra
vào lúc 4:58 để cho chiếc tàu vớt mìn của Mỹ vào. Cửa cứ tiếp tục để ngỏ
như vậy cho mãi tới 8:40. Ngay buổi sáng lịch sử đó, cổng vào quân cảng
bỏ ngỏ tới gần 4 tiếng đồng hồ. Hải quân Nhật tin chắc rằng ít nhất ba tiểu
tiềm thủy đỉnh Nhật đã vào được bên trong quân cảng một cách an toàn.
Khoảng 5 giờ sáng trong bầu trời tối đen như mực, trong khi các mẫu hạm
tiếp tục nhào mình vào những đợt sóng lớn của một biển động để tiến tới
điểm xuất quân, thì hai chiếc tuần dương hạm hạng nặng Chijuma và Tone
mỗi chiếc phóng ra một phi cơ nổi để dò thám Trân châu cảng. Khi hai
chiếc phi cơ nổi trôi đi thì trên các mẫu hạm, các phi cơ đã sẵn sàng vào
hàng để cất cánh. Lúc đó sóng biển cao đến nỗi tràn qua cả boong mẫu
hạm, khiến các phi công và nhân viên bảo trì phải ôm chặt cánh máy bay để
khỏi bị cuốn trôi xuống biển.
Một giờ sau đó, biển tối sầm lại và những làn sóng biển lớn dường như mỗi
lúc một hung dữ hơn. Trong hoàn cảnh ấy phải mất nhiều thì giờ hơn phi cơ
mới cất cánh được. Mặc dù không nhận được tin tức của phi cơ thám thính,
Nagumo vẫn quyết định phải tung phi cơ lên ngay, nếu không yếu tố bất
ngờ sẽ không còn nữa. Bằng quyết định này, Nagumo đã đạt được yếu tố
bất ngờ hơn trước. Thay vì phải cho chính phủ Nhật 30 phút để tuyên chiến
với Hoa Kỳ mà bộ Tư lệnh hải quân đã đồng ý. Nhưng quyết định mở cuộc
tấn công ngay của Nagumo đã không có thì giờ cách biệt giữa lệnh tuyên
chiến của chính phủ Nhật và cuộc tấn công nữa.
Nagumo triệu tập trung tá Fuchida vào phòng thuyết trình của soái hạm
Akagi. Fuchida là một phi công nhiều kinh nghiệm, với 25 năm thâm niên
trong hải quân, sẽ hướng dẫn cuộc tấn công. Khi Fuchida trình diện
Nagumo và đại tá Hasegawa chỉ huy soái hạm Akagi, thì tất cả phi công
trên các mẫu hạm tiến vào phòng hành quân để nghe lệnh cuối cùng. Trên
