Đình Diệm đã đích thân phong tặng Phạm Ngọc Thảo cấp bậc Trung tá và
cử làm tỉnh trưởng Bến Tre. Trước khi nhận nhiệm vụ mới, anh đề nghị
trực tiếp với Ngô Đình Diệm ba yêu cầu: Một, ổn định tình hình tỉnh Bến
Tre không phải bằng bạo lực mà chính trị. Vì anh không thể hành động như
những quân nhân võ biền khác. Mục đích của anh là không phải đàn áp
phong trào đấu tranh của Bến Tre đang lên cao độ. Hai, nếu bắt được Việt
Cộng, có đủ bằng chứng, cho lập phiên tòa xét xử. Với yêu cầu này, Phạm
Ngọc Thảo sẽ có cớ để trừng trị bọn đầu hàng, bọn chỉ điểm. Ba, Tỉnh
trưởng Bến Tre được đặc cách chỉ báo cáo với Tổng thống, không qua một
ban, bộ nào. Như vậy, Phạm Ngọc Thảo sẽ tránh được những kẻ gièm pha,
ton hót...
Ngô Đình Diệm đã chấp thuận cả ba yêu cầu của Phạm Ngọc Thảo. Khi
nhận chức tỉnh trưởng, việc đầu tiên của anh là ký quyết định thả 2.000 tù
nhân đang bị giam giữ... và lập tòa án trừng trị bọn phản bội, đầu hàng.
Nhiều phản ứng của phía chính quyền và quân đội ngụy đều được Phạm
Ngọc Thảo bác bỏ bằng luận thuyết rằng, Ngô Đình Diệm đang thí nghiệm
một luận thuyết mới: Luận thuyết thân dân, phải có thì giờ kiểm nghiệm.
Nhưng chẳng bao lâu sau, ngay trong các tầng lớp dân chúng Bến Tre cũng
xì xào rằng: Hình như Phạm Ngọc Thảo là... một Việt Cộng nằm vùng.
Do chính sách của Phạm Ngọc Thảo không cho phép quân lính thuộc
quyền đàn áp dân chúng, điều đó đã góp phần cho các cuộc nổi dậy của
nhân dân Bến Tre đạt được thắng lợi. Đó chính là phong trào đồng khởi của
đội quân tóc dài mà lịch sử sau này mãi mãi ghi công.
Chức tỉnh trưởng Bến Tre của Phạm Ngọc Thảo bị thay thế, nhưng Ngô
Đình Diệm chỉ cho rằng anh còn non nớt, chưa có kinh nghiệm cai trị nên
cho anh ra nước ngoài học tập một thời gian, khi trở về chuyển làm phát
ngôn viên Chính phủ vì anh có trình độ học thức cao... Trong giới tướng
lĩnh ngụy, Phạm Ngọc Thảo rất có uy tín vì anh thông minh, giao du rộng,
hào phóng, có tài ăn nói... tất cả các tướng lĩnh của chính quyền ngụy đều