thời trung thế, ngoài thế lực của phong trào Ikkō Ikki thuộc tông
phái Tịnh Thổ Chân tông, các tông phái khác như Nhật Liên tông với
bối cảnh là các nhóm thị dân Kyōto hay Hieizan và Kōyasan đều
mở rộng sựảnh hưởng ra xã hội trần tục nhờ vào sức mạnh kinh tế
và vũ trang. Tướng Oda Nobunaga đã rất hữu hảo với Thiên chúa
giáo, nhưng với Phật giáo lại thể hiện quan hệ đối địch một cách toàn
diện và tiến hành nhiều cuộc chinh phạt bằng vũ lực. Trước hết,
ông ta đã tấn công Hieizan vào năm Genki (Nguyên Quy) thứ nhất
(1570) và đốt cháy hầu hết toàn bộ các điện thờ, trong đó có điện
chính Kompon Chūdō (Căn Bản Trung Đường). Đối với Nhật Liên
tông thì ông ta cho tranh luận với Tịnh Thổ tông (Cuộc tranh luận về
tôn giáo tại Azuchi vào năm 1579) và lấy đó làm nguyên cớ để kìm
hãm. Đối với Nobunaga, nguy cơ lớn nhất chính là thế lực của
chùa Hongan-ji thuộc tông phái Tịnh Thổ Chân tông vì Tổng trụ trì
Kennyo đã lấy căn cứ là chùa Hongan-ji ở Ishiyama và chống lại
Nobunaga một cách triệt để. Cuộc chiến kéo dài từ năm Genki thứ
nhất cho đến 11 năm sau đó (được gọi là Ishiyama Gassen) đã kết
thúc bằng việc Kennyo cùng các môn đồ thoái lui khỏi Ishiyama
vào năm Tenshō thứ 8 (1580).
Sang đến thời Hideyoshi, mặc dù vẫn có những cuộc chinh phạt ở
các chùa như Negoro-ji (Căn Lai tự, 1580), nhưng trên thực tế thế
lực của các chùa Phật giáo đã không còn đủ để chống lại nữa, nên
Hideyoshi đã tiến hành thống trị bằng cách phục hưng và bảo hộ
các chùa. Đặc biệt, hoạt động tiêu biểu của thời Hideyoshi này là việc
đúc đại tượng Phật ở chùa Hōkō-ji (Phương Quảng tự)
. Vào năm
Bunroku (Văn Lộc) thứ 4 (1595), ông ta đã cho tiến hành nghi lễ
cúng hương hồn song thân đã mất của mình trước bức đại tượng
Phật, có tới 1000 nhà sư tham gia. Trong nghi lễ này, Hideyoshi cho
mời sư tăng của các tông phái tham gia, nhưng trên thực tếđó chỉ là
nghi lễ để buộc các tông phái phải thề nguyền trung thành đối với
mình. Tông phái không chịu khuất phục và tranh luận xem có nên
