quốc giáo hóa Thần đạo đã được bắt đầu từ lệnh Thần Phật
phân ly (hay còn gọi là lệnh Thần Phật phán nhiên). Lệnh Thần
Phật phân ly là từ để chỉ tổng thể những pháp lệnh được ban hành từ
tháng 3 đến tháng 4 năm Keiō (Khánh Ứng) thứ 4 (cũng đồng thời
là năm Meiji thứ nhất, 1868). Theo đó, người ta đã bắt tất cả
những người có chức tăng trong đền thờ Thần đạo như Biệt đương
(Bettō) hay Xã tăng (Shashō)
và cấm tất cả những tên gọi theo
Phật giáo như Gongen (Quyền hiện) hay các thần thể là tượng Phật
đặt ở trong đền thờ. Nghĩa là người ta đã đóng lá bài nhằm chấm
dứt sự kết hợp giữa Thần đạo và Phật giáo từng tồn tại trong một
thời gian dài.
Sự phân ly giữa Thần đạo và Phật giáo không phải có nghĩa là bài
Phật, mà trong khí thế nghiêng về Thần đạo thì tinh thần bài
Phật dần lên cao và dẫn đến phong trào Phế Phật hủy Thích. Chùa
Kōfuku-ji của Nara trở thành phế tự (tức chùa bị bỏ hoang - ND) do
các nhà sư tự hoàn tục. Thần quan và những người giúp việc ở đền
thờ Hie Sannō-sha, nơi đã từng được hợp nhất với Hieizan, cũng
đứng dậy đốt phá tất cả những bảo vật liên quan đến Phật giáo như
tượng Phật... Tu nghiệm đạo vốn là hình thái tôn giáo có sự kết hợp
rõ ràng giữa Thần đạo và Phật giáo bịảnh hưởng lớn nhất và buộc
phải thay đổi hình thức vốn có. Hơn nữa, ở một số phiên trong đó
tiêu biểu là Tsuwano đã thực hiện việc bài Phật, phá bỏ tự viện và thay
thế tang lễ bằng nghi thức Thần đạo. Phong trào bài Phật quá
khích đến mức chính phủ muốn ngăn lại cũng không dừng được và
tình trạng này cứ kéo dài cho đến tận năm Meiji thứ 4. Điều này
một phần là do các nhà tư tưởng Thần đạo và những người ủng hộ
quá khích, nhưng có một sự thực nữa là lúc đó giới Phật giáo đã
không còn đủ sức mạnh để chống lại.
Mặt khác, việc phục hồi lại chức Thần kỳ quan đã trải qua bước
ngoặt trong thời kỳ đầu và đến năm Meiji thứ 2 (1869) thì thực hiện
