Lý luận Thần kỳ bất bái nếu nhìn từ nguyên tắc của Phật giáo
thì khá thống nhất, nhưng trên thực tế nước Nhật thì khó có thể
nói điều đó và những người theo Phật giáo cũng không thể bỏ qua
các vị thần bản địa. Đặc biệt, những nhà cải cách của Phật giáo Nam
Đô đã rất sùng tín các vị thần bản địa và những nhà sư sau này như
Jōkei hay Myōe cũng tất tin Kasuga Jinja (Xuân Nhật Thần xã, hay
còn gọi là Kasuga Myōjin), tức vị thần bảo hộ cho chùa Kōfuku-ji.
Hơn nữa, quan hệ giữa Nanto và Ise
cũng khá sâu sắc. Khởi đầu
từ việc Chōkei (Trùng Nguyên) đến thăm Ise để cầu nguyện cho
việc tái phục dựng lại tượng Đại Phật (Daibutsu) của chùa Tōdai-ji,
sau này các nhà sư khác cũng đến thăm Ise làm cho Thần cung Ise
trở nên sôi động vào thời trung thế và hình thành nên Thần đạo
Ise. Luật tông của Eizon cũng có thái độ rất tích cực với tín ngưỡng
của Ise. Hơn nữa, Ippen (Nhất Biến), nhà sư đã phát triển nên một
giáo đoàn Tịnh thổ đặc sắc, cũng có quan hệ mật thiết với tín
ngưỡng ở vùng Kumano
.
Như vậy, sự sùng bái các vị thần bản địa của giới tăng lữ từ sau
khi lý luận Bản địa thùy tích hình thành vào hậu kỳ thời Heian đã trở
thành điều bình thường và người ta đã tiến hành đưa các vị thần
bản địa vào Phật giáo mà không hề thấy ý kiến phản đối. Với các
nhà sư thì việc làm này đã cho họ nguyên cớ để công nhận các vị
thần bản địa mà không làm lung lay vị thế ưu việt của Phật giáo,
còn về phía tín ngưỡng thờ thần thì dưới sự bảo hộ của Phật giáo họ
có thể giành được quyền uy của mình. Trong Hưng Phúc tự tấu
trạng có nhắc đến “quyền hóa, thực loại” và “quyền hóa” ở đây là
để chỉ các vị thần là thùy tích của Phật, còn “thực loại” là những vị
thần không phải là thùy tích của Phật, tức những linh hồn cấp
thấp. Ngay cả trong Tịnh Thổ Chân tông, Zonkaku (Tồn Giác), một
hậu duệ của Shinran cũng viết trước tác Chư thần bản hoài tập
(Shoshin Hongai-shū), trong đó lý luận rằng, cần thiết phải sùng
bái các vị thần bản địa và chia thành Linh thần của Quyền Xã
