Vào thời kỳ này, phái Thiền Lâm Tế là có liên hệ chặt chẽ với
Mạc phủ và ở vào vị trí như một quốc giáo. Musō Soseki (Mộng Song
Sơ Thạch, 1275-1351) kế thừa luận pháp của Kōhō Kennichi (Cao
Phong Hiển Nhật, 1241-1316), xa dời danh lợi để chú tâm tu hành.
Vào năm 51 tuổi, ông được Thiên hoàng Go-Daigo thỉnh vào chùa
Nanzen-ji (Nam Thiền tự), sau đó còn được cả tướng quân Ashikaga
Takauji và anh em ông ta là Tadayoshi quy y vào đó. Trong cuộc nội
loại Nam Bắc triều, ông đã giương cao chủ trương Oán thân bình
đẳng, phủ nhận sự phân biệt giữa địch và ta, thuyết phục Takauji,
Tadayoshi xây dựng Chùa An Quốc (Ankoku-ji) và tháp Lợi Sinh
(Rishō-tō) ở các địa phương để độ cho vong linh người tử trận. Hơn
nữa, ông còn xây dựng chùa Tenryū-ji (Thiên Long tự) để làm đạo
trường cho Thiên hoàng Go-Daigo tiến hành cầu siêu cho họ. Để có
tiền chi phí xây dựng chùa, ông đã cử tàu của chùa Tenryū-ji sang
nhà Nguyên buôn bán. Musō đã hoạt động tích cực trên nhiều lĩnh
vực như thiết lập được quan hệ chặt chẽ với chính quyền, có tài
năng kiến thiết quang cảnh chùa... Bản thân ông từ đầu đến
cuối đều kiên trì với đạo Thiền, không hề lung lay, nhưng lại hoạt
động trên nhiều lĩnh vực khác nhau và đào tạo đệ tử ứng theo tài
năng của từng người, nên đã có nhiều đệ tử giỏi ở những lĩnh vực
khác nhau.
Chính từ môn đệ của Musō đã hình thành nên phái thiền Ngũ
Sơn (Gozan). Ngũ Sơn là chế độ phân cấp các chùa Thiền theo
cách của Trung Quốc. Chế độ này đã được thấy vào thời
Kamakura, nhưng sang đến thời Muromachi thì chùa Nanzen-ji mới
được phong cấp đặc biệt, còn Ngũ Sơn của Kyōto là Tenryū, Shōkoku
(Tương Quốc), Kennin (Kiến Nhân), Tōfuku (Đông Phúc), Manju
(Vạn Thọ) đóng vai trò trung tâm và phô trương thế lực. Ngũ Sơn
chính là trung tâm tiếp thu văn hóa mới của Trung Hoa. Không chỉ
Phật giáo mà Chu Tử học mới được du nhập cũng được học tập đầu
tiên ở Ngũ Sơn. Việc tầm cứu Hán thư, Hán văn để đáp ứng cho
