Năm 399 TCN, ông bị Anytus, Meletus và Lycon thuộc phe dân chủ mới
lấy lại chính quyền đầu đơn khởi tố: “không tin tưởng thần linh thành quốc
tin tưởng, hủ bại, tha hóa thanh niên.” Cáo buộc thứ nhất có vẻ phi lý, bởi
trong thực tế đa số dân Athens không tin tưởng thần linh thành quốc tin
tưởng, trái lại Socrates tin tưởng và tin tưởng mãnh liệt có thần linh nhân
từ, độ lượng bảng lảng đâu đây. Cáo buộc thứ hai có vẻ cụ thể. Tuy nhiên,
nếu hủ hóa thanh niên nghĩa là giáo dục họ không chấp nhận quan điểm phi
lý của cha chú, cúi đầu tin tưởng không tra hỏi, không biện luận, như vậy rõ
ràng ông có tội.
Phương thức tiến hành tố tụng ở Athens ngày đó khác hẳn ngày nay. Công
dân nào cũng có quyền kiện cáo. Đúng thì thắng, sai bị phạt. Người bị kiện
tự biện hộ trước tòa, vì thế phải học cách nói năng, biện luận sao cho lưu
loát, mạch lạc. Cũng vì thế trong xã hội nảy sinh hai hạng người: Sô-phít
(biện sư) và Sy-cô (cò mồi). Thành phần thứ nhất công khai huấn luyện
nghệ thuật sử dụng ngôn từ nơi công cộng; thành phần thứ hai kín đáo bắt
bí làm tiền nạn nhân: muốn yên chuyện thì giải quyết vấn đề riêng tư giữa
đôi bên, Sy-cô hay tên gọi đầy đủ Sycophantes biết cách lo giùm, bên bị
khỏi ra tòa, Sy-cô thương thảo với bên nguyên, kết quả bảo đảm mĩ mãn.
Phiên xử diễn ra chỉ trong một ngày, án lệnh thi hành ngay hôm đó. Bởi thế
dù có muốn mua chuộc cũng khó mà bỏ tiền hối lộ bồi thẩm, số lượng rất
lớn; vụ xử Socrates bồi thẩm gồm 500 người, qua bốc thăm số nam công
dân được lựa chọn sẽ thực hiện nhiệm vụ cộng đồng. Không có luật sư
chuyên nghiệp bào chữa, không có biện lý hay công tố ủy viên khép tội,
truy tố do cá nhân thực hiện làm đơn đưa nội vụ ra hội đồng nhân dân tức
tòa án công cộng. Cung khai, biện giải theo thời gian đồng hồ nhỏ nước;
đồng hồ là bình chứa nước, đồng hồ ngừng nhỏ khi nhân chứng cung khai.
Nguyên cáo nói trước, bị cáo nói sau, bị cáo phải tự biện hộ. Sau khi nghe
hai bên trình bày lý lẽ, bồi thẩm biểu quyết bị cáo có tội hay vô tội. Nếu vô
tội, bị cáo được thả tức thì. Nếu có tội, bị cáo chờ, bồi thẩm sẽ bỏ phiếu
nghị án. Phương thức diễn ra như thế là nhằm để bên nguyên và bên bị, mỗi
bên chuẩn bị đưa ra hình phạt, đồng thời để bồi thẩm có thời gian cân nhắc